Az első hadjárat lezárultával és a Jeruzsálemi Királyság megalapításával sem köszöntött béke a Szentföldre. Állandóan voltak a különböző vallási csoportok közötti összecsapások, város és várfoglalások. Egy újabb háború kirobbanása csak idő kérdése volt. A döntő esemény 1145-ben következett be, amikor Imad-ed-Din-Zengi moszuli bég elfoglalta az edesszai grófságot, s iszonyatos vérfürdőt rendezett a keresztények között. Ennek híre eljutott Európába, ahol III. Jenő pápa újabb hadjáratra szólította fel a nyugatiakat a keleti keresztények megsegítésére. Hívó szava 1146-ban követőkre talált, s még ebben az évben két hadsereg, egy német és egy francia indult útnak.

Az egyik sereget III. Konrád, német-római császár vezette, a kb. 70.000 fős sereghez közel ugyanennyi zarándok, kalandor és rablólovag csatlakozott. A VII. Lajos vezette másik sereg is hasonló létszámmal indult útnak, sok asszonnyal és gyerekkel, s köztük a király feleségével, Aquitániai Eleonórával. A hadjárat eleve sikertelenségre volt ítélve a sereggel tartó „kétes elemek" fosztogatásai (mely ismét a zsidók ellen irányult), a két európai uralkodó, a keresztesek és a bizánciak, illetve a keresztesek és a Jeruzsálemi Királyság vezetői között kialakult kibékíthetetlen ellentétek miatt.

Már a Magyarországon történő átvonulás közben is problémák adódtak, s a két sereg mire Jeruzsálemhez érkezett már elvesztette harcosainak kétharmadát a Kis-ázsiai összecsapások során. A sikeresnek induló szentföldi harcok után egy súlyos katonai „baklövéssel" pedig elszállt a siker utolsó reménye is. A keresztesek által elfoglalt, s a főváros „konyhakertjeként" számon tartott Ghutából ugyanis a hadműveletek célpontját áttették a keresztesek a száraz keleti országrészre.

Ennek az volt az oka, hogy az 1148. júniusában Akkrában tartott találkozón a damaszkuszi atabéget ítélték a legveszélyesebbnek, ezért ellene vezényelték a nyugati csapatokat. (A III. Konrád, VII. Lajos, I. Frigyes, II. Henrik, a Templomos és Johannita lovagrend nagymesterei és a kis-ázsiai keresztes államok uralkodói részvételével lezajlott találkozót egyébként a közékor legnagyobb csúcstalálkozójaként szokták emlegetni.) Így azonban tulajdonképpen nem is a muzulmán sereg okozta a nyugatiak vereségét, hanem a sivatag. Kénytelenek voltak visszavonulót elrendelni, majd visszatértek Európába.






Közben a muzulmánok között újabb és újabb hatalomra törő alvezérek jelennek meg, egyikük Salah-ed-Din (Szaladin), aki később szultánként visszafoglalja a keresztesektől Jeruzsálemet.

I. Amaury megérezte a veszélyt, mit Szaladin hatalomra kerülése okozott Jeruzsálem számára, ezért azonnali segítséget kért a francia királytól és a német-római császártól, később a bizánci császártól is. Segítség azonban senkitől nem érkezett, s közben Szaladin ereje egyre csak nőtt. Később, 1173-ban I. Amaury jeruzsálemi király halálát követően viszály tört ki az öröklés kérdését illetően, s utóda, IV. Baudouin hatalomra kerülése csak rövid időre csillapította a viszálykodást. (IV. Baudouin uralkodását ugyanis betegsége, a lepra igencsak lerövidítette.)

Szaladin sorra foglalja el a területeket, Damaszkusz, Homs és Hama városokat. 1180-ban meghalt I. Manuel, helyét 1183-tól Andronikosz Komnénosz vette át, aki Szaladinnal kötött szövetséget, így ezután Szaladin Bizánci támogatással folytathatta Jeruzsálem elszigetelését. 1183-ban újabb területfoglalások következnek: Bethsaan és Szamaria egy része is muzulmán kézre kerül.

A jeruzsálemi pátriárka, s a lovagrendek nagymesterei segítséget kértek Európából, de levelükre sem a pápa, sem a királyok nem reagáltak, mivel mindenki saját problémáival volt elfoglalva. Szaladin az 1180 óta érvényben lévő fegyvernyugvást kihasználva átszervezte és megerősítette mind a tengeri, mind a szárazföldi haderejét.

Jeruzsálem falain belül kiújult a hatalmi viszály, mivel V. Baudouin (IV. Baudouin unokaöccse, akit gyermektelen előde koronázott királlyá halálakor) egy évnyi (1185-1186) uralkodás után meghalt. A templomos lovagok közbenjárásával, de sokak ellenzésére Sybillét (IV. Baudouin testvére) és általa Guy de Lusingnant koronázták királlyá. Fiú örökös híján ugyanis leányok is örökölhették a trónt, ha úgy házasodtak, hogy férjük átvehette a parancsnoki címet. Az elégedetlen főurak fejében az is megfordult, hogy Szaladint hívják segítségül a király megbuktatására.


Közben megszakadt a fegyverszünet is, azzal, hogy Renaud de Chatillon, Antiochia grófja féktelenül fosztogatta a muzulmánokat. Nem hallgatott sem a király, sem Szaladin fenyegető szavára. 1187-ben megtámadott egy Egyiptomból Damaszkuszba tartó igen gazdag karavánt, s foglyai közé került Szaladin egyik közeli rokona is, aki a karavánnal utazott. Szaladin ezt a fegyverszünet végének tekintette és újra meghirdette a dzsihádot, melynek természetesen ő maga a fővezére. Szaladin seregei elfoglalták Tiberiádot, melynek hírére Jeruzsálem teljes serege elindult annak felmentésére. Az ispotályosok nagymestere hiába intette óvatosságra a királyt, az a templomosok nagymesterének tanácsára hallgatott és fejjel rohant a háborúba. Ez persze Szaladinnak kedvezett, aki 1187. július 4-én a Hattini fennsíkon körülzárta és megsemmisítette a szomjúságtól szenvedő
keresztes sereget, a háború okozóját, Renaud de Chatillont pedig saját kezűleg fejezte le. A hattini csata hírére sorra hódolta be a szultánnak a védelem nélkül maradt kisebb városok.

Szaladin nem késlekedett Jeruzsálem ostromával sem, szeptember 17-én már a város falai előtt sorakoztak seregei. Jeruzsálemet ekkor Balián Ibelin védte, aki látva a szultán erejét tudta, hogy harcban nincs esélye ellene, ezért egyezkedésbe kezdett. Szaladin pedig jóindulata kifejezéseként megígérte, hogy nem gyilkolja le a polgári lakosságot s nem rombolja le a Szent Sír Bazilikát sem. Továbbá biztosította 7000 hadifogoly szabad elvonulását, azonban, hogy ki lehet szabad, azt ő és emberei döntötték el. A rabszolgapiacon eladhatónak vélt embereket ugyanis Egyiptomba szállították, ez 12-15.000 keresztényt jelentett. A szabadon engedett keresztények elkeseredett menetelésben próbáltak eljutni Tyr kikötője felé, de a tripoliszi grófság szintén keresztény lovagjai megtámadták őket, kifosztották, s életüket csak Antiochiába menekülve menthették meg. A menetelők harmada így is életét vesztette az út során.

Jeruzsálem s később Akkon, Toron, Szidon, Bejrút, Aszkalon is muzulmán kézre került. Tyr maradt egyedül keresztény kézen, Conrad de Montferrat védelme alatt.
A muzulmánok sértetlenül hagyták a Szent Sír Bazilikát, a templomok újra mecsetekké váltak, mint a keresztények érkezése előtt, a zsidók és a görögök visszakapták tulajdonaikat. Angelosz Izsák, bizánci császár pedig kihasználta az alkalmat a politikai kapcsolatok kedvező alakítására.

Jeruzsálem elestének híre elérkezett Európába, s VIII. Gergely pápa meghirdette a 3. keresztes hadjáratot Jeruzsálem visszafoglalására. Három európai nagyhatalom együtt indul útnak, I. Barbarossa Frigyes, római császár, Németország és Itália királya, II. Fülöp Ágost francia és Oroszlánszívű Richard angol uralkodók.
Barbarossa Frigyes azonban el sem éri a Szentföldet, mert útközben vízbe fullad. (Igaz az ő hadba indulásának nem keresztényi elkötelezettség volt az oka, hanem a közte és a pápa között hosszú évek óta fennálló ellentétek. Frigyes úgy gondolta, hogy a hadjárat megfelelő alkalom arra, hogy eddigi vétkeiért bűnbocsánatot nyerjen, ha a pápa oldalán indul harcba. Halála után serege széthullik és nem folytatja útját a háborúba.)
A francia és angol had hajóval indult útnak, s Akkonban egyesültek. Oroszlánszívű Richard azonban útközben partra száll Cipruson, s elfoglalja azt Komnenosz Izsáktól, mikor meghallja, hogy a császár hogyan sarcolja az oda érkezőket.
Akkon elfoglalása után Fülöp Ágost vissza indul Franciaországba, így az egész sereg vezetését Oroszlánszívű Richard veszi át.


A Jeruzsálemi Latin Királyságban közben újabb trónöröklési viszály tört ki. Meghalt ugyanis Sibylle, aki által férje, Guy de Lusignan gyakorolta a királyi méltóságot. Hosszas viták után végülis elfogadták Guy de Lusignant továbbra is királynak.

Ciprus és még néhány főníciai város elfoglalásán kívül Oroszlánszívű Richard érdeme, hogy 1192-ben békét köt a szultánnal. Megállapodnak abban, hogy Szaladin biztosítja a zarándokutakat a fegyvertelen zarándokok számára, a keresztesek megtarthatják pozícióikat, viszont a Szentföld legtöbb városa és erődítménye muzulmán kézen maradt.